Manual de uso de PubMed

3.-) Manual de uso de PubMed 

Una vez que estamos conectados al servidor de la "National Library" y a las páginas de PubMed, vamos a realizar las búsquedas de artículos en función de nuestras necesidades. 

El motor de búsqueda de "PubMed", estructura cada búsqueda en tres fases: 

• En la primera (página de búsqueda) debemos proporcionar al servidor los parámetros de los artículos que deseamos consultar (título, autor, etc.). con estos datos el servidor realiza una selección de todas las referencias de la base de datos que coincidan con los parámetros de búsqueda. 
• En la segunda página se muestran de forma resumida (página de documentos resumidos), los resultados de la búsqueda anterior, para que de ellos hagamos la selección definitiva y elijamos el tipo de información que deseamos obtener. 
• Por último, una vez hecha la selección aparece la página de Artículos seleccionados, con la información requerida y la posibilidad de leer la información y de guardar los resultados de la búsqueda en un fichero local en el disco duro de nuestro ordenador. 

  Volver al Indice

3.1.-) Búsqueda de referencias bibliográficas.  

La primera posibilidad que se nos ofrece cuando nos conectamos a PubMed, es realizar unas búsquedas bibliográficas sencillas en función de unos parámetros que debemos proporcionar. PubMed pone a nuestra disposición dos tipos de formularios para realizar este tipo de búsquedas. En ambos formularios además del método clásico de búsqueda se puede usar una combinación de palabras clave con operadores booleanos que denominaremos búsquedas complejas o búsquedas booleanas. 

 

a) Búsqueda Básica o sencilla 

Para búsquedas sencillas o para ser usadas por usuarios nuevos o inexpertos. En este caso, si no se usa el método de búsquedas booleanas (ver apartado): 

• Las búsquedas se realizan en todos los campos de cada referencia, es decir no se pueden seleccionar campos específicos. 
• Se pueden usar varios criterios en el campo de búsqueda, pero estos son cruzados, de forma que las referencias seleccionadas cumplen todos los criterios (operador lógico AND). 

  Cuando elegimos una búsqueda básica o simple, nos aparece una pantalla, con una serie de campos que debemos rellenar. Estos campos coinciden con los parámetros de la búsqueda a realizar. 

El botón "Search" se usa para realizar la búsqueda cuando tengamos completados el resto de los campos. 

A su lado existe un campo (recuadro) para elegir la base de datos donde queremos realizar la búsqueda. Aparece una lista de todas las bases de datos en las que es posible realizar búsquedas, por defecto se selecciona la base de datos de "MedLine" que es la más utilizada y además incluye búsquedas en la base de datos de "PreMedLine", constituida por referencias de artículos que se publicaran en los próximos meses. 

Debajo de ellos aparece un segundo campo, donde debemos introducir los conceptos para los que queremos realizar la búsqueda, escribiendo una o más palabras clave separadas por un espacio en blanco. La búsqueda devolverá todos los artículos que coincidan con todas las palabras especificadas (AND en búsquedas lógicas). Por defecto se buscara cada palabra clave en todos los campos posibles (título, texto, autor, revista, etc.). 

• Podemos hacer búsquedas complejas, combinando las palabras claves de búsqueda con operadores lógicos, y especificando en que campo queremos buscar cada palabra, esta forma de hace búsquedas, se ve más adelante, en este mismo documento en la sección de búsquedas booleanas). 
• Podemos usar asteriscos (*) en la palabra de búsqueda, pero solo al final de la misma, eso significa que buscara todas las palabras que comienzan por ese texto y a continuación tengan cualquier conjunto de caracteres hasta que encuentre un espacio en blanco, por ejemplo, si ponemos bacter*, buscara todos los artículos, que coincidan con bacteria, bacterium, bacteriemia, etc. 
• Cuando la palabra de búsqueda, este formada por dos o más palabras, es decir incluyen entre ellas un espacio en blanco, entonces la cadena de búsqueda debe ir entre comillas. Por ejemplo, si buscamos hepatitis vírica, devolverá los resultados de buscar los artículos sobre "hepatitis" y los artículos sobre "víricas", mientras que si buscamos "hepatitis víricas" buscara solo los artículos sobre hepatitis víricas. 
• Si buscamos por nombre de autor, se debe escribir el apellido, y después las iniciales (estas son opcionales, se pueden poner o no, y de ponerse deben ir en letras mayúsculas) por ejemplo, Smith JB. 
• Si especificamos el nombre de una revista podemos poner, el nombre completo de la misma, la abreviatura que usa MedLine para esa revista, o su numero ISSN. 

Debajo aparecen los dos últimos campos a rellenar, que nos permiten elegir, por un lado la fecha en la que queremos empezar a buscar, y por otro el numero máximo de artículos que mostrara en cada página. 

• Normalmente los artículos resultantes de una búsqueda son numerosos, y mostrarlos todos en una página puede resultar molesto de consultar. Por otro lado no mostrarlos todos en una página puede complicar las cosas a la hora de ver el texto completo, de salvar la búsqueda en disco, o de imprimir los resultados de la misma. La decisión ira en función de las preferencias y la experiencia personal de cada usuario, pero en general, si al final lo que queremos es guardar (salvar) en nuestro ordenador la búsqueda realizada o imprimirla, lo ideal es hacer búsquedas lo más especificas posibles (no muchos artículos seleccionados), y mostrarlos todos en una sola página. 

  Volver al Indice

b) Búsqueda Avanzada 

Para búsquedas complejas o para usuarios más expertos. En este formulario cuando no se usa el método de búsquedas booleanas: 

• Permite seleccionar el campo donde se buscara la palabra clave elegida. 
• Permite consultar el thesauro, así como los posibles contenidos de cada uno de los campos.
• Permite hacer modificaciones en los parámetros de búsqueda, mientras realizando la misma.  
• En lo demás es similar a la búsqueda básica. 

En el caso de que el usuario opte por usar este  modo de búsqueda, la  pantalla que aparece es distinta de la anterior, y los campos a rellenar son diferentes. Nos encontramos con una búsqueda dividida en dos partes, una primera parecida a la anterior, que como resultado nos ofrece una segunda pantalla donde podemos modificar los parámetros de búsqueda, añadiendo palabras clave y combinándolas con las anteriores mediante operadores lógicos, con el objetivo de ser más selectivos en la búsqueda. 

Primera búsqueda. Cuando realizamos una búsqueda avanzada, la primera pantalla que encontramos, nos ofrece tres campos a rellenar: 

Search Field: En este campo seleccionamos de entre todas las opciones que nos ofrece la más útil a nuestras necesidades, los campos de la base de datos en los que podemos buscar términos son los siguientes: 

• Affiliation [AD, AFFL]: Dirección e Institución u organización del autor del artículo. 
• All Fields [ALL]: Todos los campos de la base de datos 
• Author Name [AU, AUTH]: Nombre del autor del artículo, en el formato Apellido seguido o no (opcional) de las iniciales sin puntos. 
• EC/RN Number [RN, ECNO]: Numero designado por la comisión de enzimas para identificar un enzima determinado.
• Entrez Date [EDAT]: Contiene la fecha en la que un registro de una referencia bibliográfica, fue añadido a PubMed, en el formato "yyyy/mm/dd" donde el mes y el día son opcionales, y pueden no ponerse.   Se puede usar un rango de fechas, usando dos fechas separadas con el carácter ":" (por ejemplo, "1995/01/01: 1998/01/01", buscara desde el 1 de enero de 1995, hasta el 1 de Enero de 1998).
• Journal Name [TA, JOUR]: Nombre de la revista donde se ha publicado el artículo, se pueden usar los nombres completos de la revista, las abreviaturas definidas por MedLine para cada una de ellas, y su numero ISSN correspondiente. 
• Language [LA, LANG]: Lenguaje en el que están escritos los artículos (algunos de ellos no estando originalmente escritos en ingles si tienen su abstract en ingles). 
• MeSH Terms [MH, MESH]: Los términos MESH, son el conjunto de palabras (Thesaurus) que utiliza MedLine para identificar e indexar (clasificar ordenados en categorías) todos los artículos. Cada artículo esta asociado a uno o varios términos MESH que identifican su contenido. Estos términos están organizados jerárquicamente en forma de árbol ramificado. 
• MeSH Major topic [MAJR]: Son los términos MESH de primer nivel en el árbol jerárquico.
• Page Number [PAGE]: Es el número de la página donde empieza el artículo en la revista donde se publico. 
• Publication Date [DP, PDAT]: Fecha en que fue publicado el artículo, en el formato "Año/mes/día" 
• Publication Type [PT, PTYP]: Forma en la que se presenta un artículo (artículo revisado, Ensayo clínico, etc.) 
• Substance [NM, SUBS]: Incluye los nombres de cualquier substancia química asociada con la referencia bibliográfica. 
• Text Words [TW, WORD]: Incluye todas las palabras incluidas tanto en el título como en el abstract de un artículo , así como en "substance" y en "MeSH headings" y "MeSH subheadings. 
• Title Words [TI, TITL]: Incluye todas las palabras incluidas en el título de un artículo 
• Volume [VI, VOL]: Numero de la revista en la que se publico el artículo. 
• Medline ID [UI, MUID]: Identificador MedLine para cada artículo, (es único y no puede estar repetido). 
• PubMed ID [PMID]: Identificador PubMed para cada artículo, (es único y no puede estar repetido). 

* Por defecto, si no especificamos ninguno, se busca en todos los campos a la vez (All Fields). 

** En la relación anterior aparecen entre corchetes ( [] ) las abreviaturas validas para cada campo, que deberán ser usadas cuando hagamos búsquedas usando comandos "On-Line" (ver búsquedas Booleanas). 

Mode. PubMed permite hacer búsquedas en MedLine de dos modos distintos: 

• Modo Automático. En este modo los términos o palabras claves son añadidas directamente a la cadena de búsqueda y usados de forma literal tal y como están escritos. El resultado es siempre una segunda pantalla de modificación de búsqueda, en la que ya se han seleccionado artículos y en la que podemos modificar el nivel se selección (ver el punto modificando la búsqueda). 

• Modo ListTerms. Usamos este modo cuando no estamos seguros de la palabra a buscar, bien porque no conocemos la sintaxis exacta, o bien porque deseamos conseguir una relación de las posibilidades existentes (por ejemplo una lista de las revistas actualmente disponibles o una relación de los términos MESH por los que se indexan los artículos). Este es el mecanismo de búsqueda cuando queremos consultar el thesaurus de MedLine desde el motor principal de búsqueda, sin usar la herramienta especifica diseñada para ello (MeSH Browser).

* Cuando elegimos este modo debemos siempre incluir en el campo de Palabras clave, una aproximación de la palabra que buscamos, PubMed nos mostrara entonces una página intermedia antes de la de modificación de búsqueda. 

* En ella aparece un cuadro con una lista de los términos posibles que podemos utilizar, clasificados por orden alfabético y empezando por el más parecido al que hemos introducido, seguidos de un número entre paréntesis (indica el número de artículos disponibles para ese termino). Seleccionamos uno (botón Izq.-ratón) o varios (CTRL + Izq.-ratón), y pinchamos en el botón "Select". Aparece entonces la página de Modificación de búsqueda. 

* Si el término deseado no parece en la relación de la tabla, podemos ir a la página "anterior/siguiente" de términos seleccionando la opción "scroll list up / scroll list down". Por ejemplo si deseamos listar todas las revistas posibles desde la primera, el termino de búsqueda ideal será "a". Esta búsqueda nos mostrara las primeras opciones, pero no todas, si la deseada no parece, seleccionamos "scroll list down" y pasamos a la página siguiente de términos, que empezara desde la última que apareció en la página anterior y así sucesivamente hasta lograr el resultado deseado.

* En todo momento, en esta página intermedia, podremos modificar los parámetros iniciales de la búsqueda, incluyendo el "modo", ya que al principio de la página se repiten los mismos campos que aparecían en la página de "búsqueda avanzada".

Palabras Clave. En este campo deberemos introducir una o varias palabras clave con las cuales se realizara la búsqueda en el/los campos especificados y en el modo determinado. La sintaxis a emplear es la misma que en el caso de la búsqueda básica, y esta explicada en ese apartado. Puede usarse asimismo una expresión compleja de búsqueda (ver búsquedas booleanas). 

Volver al Indice

Modificando la búsqueda Una vez hemos llegado a esta página, vemos que se divide en tres partes, en cada una de las cuales podemos realizar una acción diferente: 

Current query. que utilizaremos Esta parte de la página es la cuando demos por concluida la búsqueda y queramos recuperar los documentos pasando a la página de documentos resumidos. En ella aparece:

• Un botón "Details". Que al ser pulsado nos abre una ventana nueva con la sintaxis completa de la búsqueda que estamos realizando, y nos permite modificarla y/o ejecutarla
• La sintaxis completa de la orden de búsqueda actual
• Un botón , dentro del cual existe un numero que indica el numero total de documentos que devolverá la búsqueda al accionarlo.
• En la línea inferior, los campos habituales para modificar el periodo de tiempo donde se realizara la búsqueda y el numero de documentos que se mostraran en cada página (ver búsqueda básica) 

Add terms to query. Usamos esta parte del formulario, para modificar la búsqueda, añadiendo una o más palabras clave a la cadena de búsqueda, con el fin de reducir el numero total de artículos seleccionados, al aumentar el nivel de precisión en la misma. Podemos repetir esta operación tantas veces como queramos haciendo de este modo la búsqueda cada vez más selectiva. Los campos a rellenar son iguales que los de la primera página de "búsqueda avanzada": 

• Search field: Nos indica en que campos buscara las palabras clave elegidas. 
• Search Mode: indica el modo de búsqueda. Puede ser automático o búsqueda de términos (ver en modo de búsqueda avanzada). 
• Enter Terms: para introducir las palabras claves en la cadena de búsqueda 
• Search (botón): Para iniciar la búsqueda 
• Reset (botón): Para iniciar otra búsqueda borrando todo aquello que contienen los campos a rellenar, 

Modify current query. Hasta ahora las modificaciones hechas a la cadena de búsqueda, eran añadiendo palabras a la misma, de forma que cada vez reducíamos más el numero de artículos seleccionados. Usábamos siempre el Operador Lógico "AND". En esta parte del formulario, podemos combinar las distintas palabras clave de la cadena de búsqueda usando otros operadores lógicos (ver búsquedas booleanas).  

Esta parte del formulario no aparece siempre, solo cuando previamente se ha añadido un nuevo termino a la búsqueda usando el apartado "add terms to query". Cuando aparece se divide en dos líneas, la primera es un cuadro que recoge todas las palabras clave que se han ido añadiendo a la búsqueda, de ellas debemos seleccionar dos o más que combinaremos con uno de los operadores lógicos que aparecen en el primer cuadro de la segunda línea. Posteriormente presionando el botón "Search" realizaremos la búsqueda. 

Volver al Indice

c) Búsquedas complejas (búsquedas booleanas) 

Se pueden usar en cualquiera de los dos casos anteriores, generalmente por usuarios expertos, en ellas el usuario introduce una cadena de búsqueda donde combina varias palabras clave con los operadores lógicos AND (intersección), OR (unión), y BUTNOT (diferencia). 

Este tipo de método de búsqueda podemos usarlo tanto con el formulario de búsqueda básica como con el de búsqueda avanzada. Es muy rápido y útil, pero requiere un experiencia en búsquedas anteriores, para familiarizarse con la sintaxis y la terminología utilizadas. Para usarlo debemos escribir directamente en el espacio reservado a la/las palabras clave, la cadena de búsqueda de forma completa, según la sintaxis ….. 

palabra1[campo] OPERADOR palabra2[campo] …….. OPERADOR palabraN[campo] Donde: 

PalabraN: Es cada una de las palabras clave utilizadas en la búsqueda 

[campo]: Es cada uno de los campos de la base de datos de MedLine. Debe usarse siempre la abreviatura valida para MedLine que viene entre corchetes en la relación. Si no especificamos ninguno, por defecto busca en todos los campos. 

• Affiliation [AD, AFFL]: Dirección e Institución u organización del autor del artículo. 
• All Fields [ALL]: Todos los campos de la base de datos 
• Author Name [AU, AUTH]: Nombre del autor del artículo, en el formato Apellido seguido o no (opcional) de las iniciales sin puntos. 
• EC/RN Number [RN, ECNO]: Numero designado por la comisión de enzimas para identificar un enzima determinado.
• Entrez Date [EDAT]: Contiene la fecha en la que un registro de una referencia bibliográfica, fue añadido a PubMed, en el formato "yyyy/mm/dd" donde el mes y el dia son opcionales, y pueden no ponerse.   Se puede usar un rango de fechas, usando dos fechas separadas con el carácter ":" (por ejemplo, "1995/01/01: 1998/01/01", buscara desde el 1 de enero de 1995, hasta el 1 de Enero de 1998).
• Journal Name [TA, JOUR]: Nombre de la revista donde se ha publicado el artículo, se pueden usar los nombres completos de la revista, las abreviaturas definidas por MedLine para cada una de ellas, y su numero ISSN correspondiente. 
• Language [LA, LANG]: Lenguaje en el que están escritos los artículos (algunos de ellos no estando originalmente escritos en ingles si tienen su abstract en ingles). 
• MeSH Terms [MH, MESH]: Los términos MESH, son el conjunto de palabras (Thesaurus) que utiliza MedLine para identificar e indexar (clasificar ordenados en categorías) todos los artículos. Cada artículo esta asociado a uno o varios términos MESH que identifican su contenido. Estos términos están organizados jerárquicamente en forma de árbol ramificado. 
• MeSH Major topic [MAJR]: Son los términos MESH de primer nivel en el árbol jerárquico.
• Page Number [PAGE]: Es el número de la página donde empieza el artículo en la revista donde se publico. 
• Publication Date [DP, PDAT]: Fecha en que fue publicado el artículo, en el formato "Año/mes/día" 
• Publication Type [PT, PTYP]: Forma en la que se presenta un artículo (artículo revisado, Ensayo clínico, etc.) 
• Substance [NM, SUBS]: Incluye los nombres de cualquier substancia química asociada con la referencia bibliográfica. 
• Text Words [TW, WORD]: Incluye todas las palabras incluidas tanto en el título como en el abstract de un artículo , así como en "substance" y en "MeSH headings" y "MeSH subheadings. 
• Title Words [TI, TITL]: Incluye todas las palabras incluidas en el título de un artículo 
• Volume [VI, VOL]: Numero de la revista en la que se publico el artículo. 
• Medline ID [UI, MUID]: Identificador MedLine para cada artículo, (es único y no puede estar repetido). 
• PubMed ID [PMID]: Identificador PubMed para cada artículo, (es único y no puede estar repetido). 

Operador: Es un Operador Lógico, y puede ser uno de los siguientes (entre corchetes aparece la abreviatura valida para cada operador): 

• AND [&]. En este caso buscara los artículos que contengan ambas palabras clave (Operador de Intersección). 

• OR [|]. En este caso buscara los artículos que contengan cualquiera de las palabras clave, con independencia de que la otra este o no (Operador de Unión). 

• BUTNOT [-]. En este caso buscara los artículos que contengan la primera palabra clave pero no la segunda (Operador de Diferencia). 

• RANGE [:]. En este caso seleccionara todos los artículos que contengan la palabra contenida en el rango entre la primera y la segunda palabra. Por ejemplo, la expresión "100[VOL] RANGE 105[VOL]" devolverá todos los artículos publicados en los números del 100 al 105 de todas las revistas (Operador de rango). 

Ejemplos: 

 (hypertension[All Fields] ) 
Devolverá todas las referencias a artículos publicados sobre Hipertensión 

(hypertension[All Fields] AND nifedipina[All Fields]) 
Devolverá todas las referencias a artículos publicados sobre Hipertensión "y" relacionados con la nifedipina 

(hypertension[All Fields] OR nifedipina[All Fields])
 Devolverá todas las referencias a artículos publicados sobre Hipertensión "o" sobre nifedipina, estén o no los dos términos relacionados en un mismo artículo 

(hypertension[All Fields] AND "internal medicine"[Journal Name]) 
Devolverá todas las referencias a artículos publicados sobre Hipertensión en la revista Internal Medicine. 

(hypertension[All Fields] AND ("internal medicine"[Journal Name] OR internist[Journal Name])) 
Devolverá todas las referencias a artículos publicados sobre Hipertensión en la revista Internal Medicine o en la revista Internist. 

(gastro*[JOUR] AND ranitidine[ALL]) AND ( 100[VOL] OR 150[VOL]) 
Devolverá todos los artículos publicados en las revistas cuyo nombre empiece por "gastro", que traten sobre la "ranitidine", y se hayan publicado en los números "100" o "150" de la revista. 

Volver al Indice